Das Ziel der Transaktionsanalytischen Psychotherapie ist es die Veränderungen zu erreichen, die die Patientin verwirklichen möchte. Patientin und Therapeutin schliessen einen therapeutischen Vertrag, in dem sie festlegen, was das Ziel ist, wie es erreicht werden soll und was beide dazu beitragen, damit es erreicht werden kann.

Häufige Ziele sind die Verbesserung der Befindlichkeit, die Verbesserung der Beziehungsfähigkeit und der gelebten Beziehungen und die Erweiterung der Handlungsmöglichkeiten als Folge einer Skriptanalyse.